Diversité moléculaire des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sur les racines des oignons en cultures biologique et classique aux Pays-Bas

G. A. Galván^1,2, I. Parádi^3,6, K. Burger¹, J. Baar^3,7, T. W. Kuyper⁴, O. E. Scholten¹ et C. Kik^1,5

Résumé
La diversité et les niveaux de colonisation de champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) d’origine naturelle sur les racines d’oignons ont été étudiés afin de comparer les systèmes de culture biologique et classique aux Pays-Bas.
En 2004, 20 champs d’oignons ont été échantillonnés au cours d’une étude équilibrée entre systèmes agricoles et entre deux régions, soit la Zélande et le Flevoland. En 2005, neuf champs classiques et dix champs biologiques ont également fait l’objet de l’étude dans le Flevoland. Les phylotypes de CMA ont été identifiés par séquençage de l’ADNr.

Tous les plants avaient été colonisés – en moyenne à 60 % par colonisation arbusculaire et à 84 % par colonisation en pelotons (hyphes). En Zélande, les racines des oignons en culture biologique présentaient des niveaux de colonisation fractionnels plus élevés que ceux des champs en régie classique. Dans les champs d’oignons en culture classique, le niveau de colonisation a eu un impact positif sur le rendement.

Dans l’ensemble, 14 phylotypes de CMA ont été identifiés. Le nombre de phylotypes par champs allait de un à six. Deux phylotypes associés aux complexes d’espèces Glomus mosseae–coronatum et G. caledonium–geosporum étaient les plus abondants, tandis que d’autres phylotypes étaient relativement peu fréquents. Les systèmes agricoles biologique et classique présentaient des nombres similaires de phylotypes par champ et des indices de diversité Shannon semblables. Quelques champs biologiques et classiques affichaient un nombre plus grand de phylotypes, notamment ceux associés aux genres Glomus-B, Archaeospora et Paraglomus. Ceci semble indiquer que ce n’est pas le système cultural en soi qui influe sur la diversité des CMA, mais plutôt les conditions environnementales spécifiques ou certaines pratiques agricoles.


Source
Mycorrhiza (2009) 19:317-328


(1) Plant Research International, Wageningen University and Research Center, P.O. Box 16, 6700 AA Wageningen, The Netherlands
(2) Dept. Producción Vegetal, CRS, Facultad de Agronomía, Universidad de la República, Progreso, Uruguay
(3) Mushroom Section of Applied Plant Research, Plant Research International, Wageningen University and Research Centre, P.O. Box 16, 6700 AA Wageningen, The Netherlands
(4) Department of Soil Quality, Wageningen University and Research Center, P.O. Box 47, 6700 AA Wageningen, The Netherlands
(5) Centre for Genetic Resources (CGN), Wageningen University and Research Centre, P.O. Box 16, 6700 AA Wageningen, The Netherlands
(6) Present address: Department of Plant Physiology and Molecular Plant Biology, Eötvös Loránd University, P.O. Box 120, H-1518 Budapest, Hungary
(7) Present address: Knowledge Centre Triple E, Sweerts de Landasstraat 46, 6814 DG Arnhem, The Netherlands


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